Leerrijk! kent een "platte organisatie" waarin drie lagen te onderscheiden zijn.

De Raad van Toezicht, bestaande uit maximaal 7 mensen, houdt integraal toezicht op het College van Bestuur en zijn beleid, in het bijzonder de realisatie van de doelstelling van de organisatie.

Het College van Bestuur wordt ondersteund door een servicebureau. Het bestuur legt over de uitvoering van haar taken verantwoording af aan de Raad van Toezicht.

De derde laag wordt gevormd door de schooldirecteuren. Deze fungeren als integraal schooldirecteur en zijn eindverantwoordelijk voor “de school”. De directeuren leggen over de uitvoering van hun werkzaamheden verantwoording af aan het College van Bestuur. Binnen de scholen wordt op een bij de school passende wijze nader vorm gegeven aan de leiding.